Clementiner är naturligt kärnfri men det kan ändå förekomma kärnor i clementiner. Detta beror på att blomningsperioden sammanfaller med citronernas. Kärnorna kommer från citronträden genom så kallad korspollinering. Bina tar med sig pollen från citronodlingar i närheten och överför det på den yttre träden i clementinodlingen, om denna ligger för nära. Dessa träd kan då få frukter som innehåller kärnor. Träden längre in i odlingen förblir kärnfri. Därför kan förekomsten av kärnor variera i just clementiner. Vissa partier är helt kärnfria medan andra kan innehålla mycket kärnor.